Politeknik Kesehatan Departemen Kesehatan Kupang berdiri tanggal 16 April 2001 dengan SK Menteri Kesehatan dan Kesejahteraan Sosial R.I. Nomor 298/SK/IV/2001 tentang Organisasi dan Tata kerja Politeknik Kesehatan. Sesuai SK Menkes R.I. No. HK.00.06.1.4.2.02225 tentang Penataan Lokasi Pelaksanaan Program Studi Pada Beberapa Jurusan di Politeknik Kesehatan Padang, Mataram, Kupang, Pontianak, Banjarmasin, Manado dan Makasar maka Tahun 2005 terjadi penggabungan 2 (dua) akademi yaitu Akademi Kesehatan Gigi Kupang dan Akademi Farmasi Kupang. Dengan bergabungnya Akademi Farmasi dan Akademi Kesehatan Gigi Kupang, maka Politeknik Kesehatan Depkes Kupang Mempunyai 5 Jurusan dan 2 Program Studi pada tahun 2005

UNDANA didirikan pada tanggal 1 September 1962 sekaligus menjadi universitas negeri pertama yang berada di Provinsi Nusa Tenggara Timur. UNDANA sendiri memiliki gedung kampus yang bertempat di Jl. Adisucipto, Penfui, Kupang, Nusa Tenggara Timur.

Universitas Tomor (Unimor) merupakan sebuah perguruan tinggi negeri yang di perbatasan NKRIRDTL dan mempunyai sejarah pendirian yang cukup panjang. Unimor sebelumnya berasal dari Universitas Timor Timur (Untim) yang karena jejak pendapat di Timor Timur kemudian mengalami perpindahan ke Indonesia

Politeknik Kelautan dan Perikanan Kupang, selanjutnya disebut Politeknik KP Kupang, adalah perguruan tinggi yang menyelenggarakan pendidikan vokasi di bidang kelautan dan perikanan di lingkungan Kementerian Kelautan dan Perikanan, di bawah pembinaan Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan. Politeknik KP Kupang merupakan salah satu upaya untuk meningkatkan kualitas pendidikan SDM Indonesia di bidang Kelautan dan Perikanan, sehingga sumberdaya manusia Indonesia di bidang kelautan dan perikanan makin kompetitif terutama terkait dengan kemampuan ilmu pengetahuan dan teknologi. Politeknik KP Kupang dibentuk berdasarkan : Surat Dirjen Kelembagaan Iptek dan Pendidikan Tinggi Kemristek Dikti Nomor 5459/E2.2/KL/2015 tentang rekomendasi pendirian Politeknik Kelautan dan Perikanan Kupang, Bone dan Karawang. Surat Menpan RB Nomor B/4095/M.PAN-RB/12/2016 tentang Pembentukan Politeknik Kelautan dan Perikanan di Kupang, Bone dan Karawang Permen KP Nomor 63/PERMEN-KP/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Kelautan dan Perikanan Kupang. Perikanan Kupang berdasarkan Kepmen Ristek Dikti Nomor 182/KPT/I/2016 adalah : D3 Teknik Penangkapan Ikan D3 Mekanisasi Perikanan D3 Teknik Budidaya Perikanan Politeknik KP Kupang mempunyai tugas menyelenggarakan pendidikan vokasi, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat di bidang kelautan dan perikanan. Dalam melaksanakan tugas tersebut, Politeknik KP Kupang menyelenggarakan fungsi: Penyusunan rencana dan program pendidikan; Pelaksanaan dan pengembangan pendidikan vokasi yang meliputi pengajaran dan pelatihan di bidang kelautan dan perikanan; Pelaksanaan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat; Pengelolaan administrasi akademik dan ketarunaan; Pengembangan sistem penjaminan mutu; Pelaksanaan pembinaan karakter; Pembinaan civitas akademika dan hubungannya dengan lingkungan; Pengelolaan kesejahteraan taruna, dan praktik kerja taruna serta urusan alumni; Pelaksanaan pengawasan internal; Pengelolaan perpustakaan, laboratorium, instalasi, sarana dan prasarana lainnya; dan Pengelolaan keuangan, kepegawaian, tata usaha, kerumahtanggaan, evaluasi, dan pelaporan.

Universitas Karyadarma Kupang (Undarma), Kampus kolaboratif, inovatif dan kreatif ini telah berdiri sejak 16 September 2014 dengan Nomor SK PT 412/E/O/2014 dan Tanggal SK PT 16 September 2014. Kampus undarma telah terakreditasi secara resmi oleh lembaga akreditasi BAN-PT.

Universitas Citra Bangsa (UCB) di Kota Kupang, NTT, didirikan pada tahun 2019 oleh Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi (Kemristekdikti). UCB adalah hasil penggabungan Sekolah Tinggi Citra Husada Mandiri Kupang (Stikes CHMK) dan Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Citra Bina Nusantara (STKIP CBN). UCB diselenggarakan oleh Yayasan Citra Bina Insan Mandiri.

Sekolah Tinggi Teologi Musafir merupakan bentuk perguruan tinggi keagamaan kristen swasta dari SMTK Musafir Kupang dan berdiri di bawah naungan Yayasan Generasi Musafir.

Universitas Gunung Rinjani, adalah perguruan tinggi swasta di Jalan Raya Mataram-Labuhan Lombok KM 5